CV

The language can be changed using the flag icon (top right) De taal kan aangepast worden door middel van het vlag icon (rechtsboven)

Freek van Hemert, Ph.D. Link to heading

Ondernemer met een doctoraat in de Biofysica en meer dan 12 jaar ervaring in industrieel onderzoek. | Projectleider in een groot Academisch Ziekenhuis. | Voorstander van een open softwareontwikkelingscultuur. | Expertise in Softwareontwikkeling en Data-analyse in Genomics en Digitale Pathologie. | Bekwaam in het overbruggen van communicatie tussen medische professionals en informatici.

https://www.linkedin.com/in/fvanhemert/

Werkervaring Link to heading

Eigenaar, Qodon (’s Gravenmoer), 2022-heden Link to heading

Projectleider, ErasmusMC, 2024-Heden Link to heading

Ontwikkelde een strategisch plan voor het stroomlijnen van high-performance computing (HPC) en bioinformatica ondersteuning, waarbij infrastructuur- en expertisehiaten werden aangepakt om de onderzoeksefficiëntie te verhogen.

  • Leidde analyse van High-Performance Computing (HPC)-infrastructuur binnen het ErasmusMC, waarbij HPC apparatuur van 16 afdelingen in kaart werd gebracht
  • Ontwikkelde strategisch plan voor een bioinformatica en HPC-ondersteuningsfaciliteit, inclusief bestuurs- en financieringsmodellen
  • Voerde benchmark-analyse uit bij UMC Groningen, WUR (Wageningen), UMC Utrecht, RadboudUMC en LUMC om best practices voor bioinformatica en HPC-ondersteuning vast te stellen
  • Kwantificeerde gemiste financieringskansen door infrastructuurhiaten, om een business case voor institutionele investering op te bouwen
  • Creëerde voorstel voor Bioinformatica Coördinator en HPC Product Owner rollen om aanbevelingen te implementeren en ondersteuningsfunctie op te zetten

Bioinformaticus/Linux systeembeheerder, DCDC Tx (Vught), 2022-heden Link to heading

Opzet en beheer van uitgebreide IT-infrastructuur, bioinformatica workflows en data-analysesystemen voor NGS-onderzoek.

  • Optuigen van IT-infrastructuur voor Next Generation Sequencing (NGS) bioinformatica, van hardware tot software
  • Het implementeren van:
    • NGS-dataverwerkingspijplijnen op Snellius (de Nederlandse Tier 1 supercomputer)
    • Softwareontwikkelomgevingen en workflows met Git (GitHub)
    • Datamanagement- en back-upstrategieën
    • Een collaboratieve kantooromgeving (Microsoft 365)
  • Verwerking en analyse van publieke en bedrijfseigen NGS-datasets

Senior Scientist, Philips Research (Eindhoven), 2018-2023 Link to heading

Leidde de ontwikkeling van een duurzaam NGS-analysepakket en bevorderde open samenwerking door middel van educatie, implementatie van kwaliteitscontrole en internationale betrokkenheid bij oncologisch onderzoek.

  • Leidde een klein team dat een NGS-data-analysepakket ontwikkelde, wat de effectiviteit van NGS-data-analyseprojecten verhoogde; deze codebase wordt nog steeds gebruikt bij Philips en in 2 spin-outs
  • Ontwikkelde een Quality Control module voor RNAseq door diepgaand begrip van het NGS-proces van sample tot data, en door zeer nauwe samenwerkingen tussen lab- en bioinformaticateams te onderhouden
  • Werkte aan het opzetten van een open en prettige softwareontwikkelingscultuur, wat de samenwerking in genomics binnen Philips verbeterde
  • Onderzocht HL7 FHIR en de implementatie ervan in een Philips Genomics-gerelateerd platform
  • Bestudeerde circulerende tumorcellen in pan-Europese samenwerkingsverbanden
  • Implementeerde en experimenteerde met GA4GH NGS-dataverwerkingstools zoals WES, mogelijk de toekomst van cloud-gebaseerde Genomics-dataverwerking
  • Rapporteerde over vele internationale oncologie-gerelateerde conferenties (zoals ELCC en vergelijkbaar)
  • Verbeterde samenwerking door collega’s op te leiden in open softwareontwikkelingspraktijken (Inner Source best practices)
  • Ontwikkelde en presenteerde een cursus: Programmeren voor Biologen: “Bring your own Data”

Development Engineer Life Science, TMC (Eindhoven), 2010-2018 Link to heading

  • Verbeteren van immunofluorescentie-assays voor borstkankerclassificatie door een whole slide digitale pathologiescanner uit te rusten met een high multiplex filterarray
  • Verbeteren van digitale pathologie-assays voor borstkanker door het ontwikkelen van beeld- en data-analysesoftware
  • Ontwikkelen van lab-on-a-chip en organ-on-a-chip rapid prototyping technologieën voor betere kleuringsassays en meer realistische geneesmiddeltesten

Talen Link to heading

  • Nederlands: Moedertaal
  • Engels: Vakbekwaam, gepubliceerd en gepresenteerd in het Engels bij vele gelegenheden

Cursussen Link to heading

  • PECB ISO/IEC 27001 Foundation (Implementeren en Beheren van een Information Security Management Systemen)
  • Microsoft Azure Fundamentals (Vijfhart) AZ-900
  • Verandermanagement, YEARTH Management Development Program
  • Marketing voor Software Architecten
  • EACR-OECI Joint Training Course: Moleculaire Pathologie Benadering van Kanker
  • Updates over Liquid Biopsy voor Niet-kleincellige longkanker (NSCLC): Een Consensus Statement van de IASLC
  • ESMO webinar toepassingen - Liquid biopsies bij longkanker
  • Global Data Protection and Privacy: Het Respecteren van Privacy
  • Het Schrijven van een Competitief Voorstel voor Framework 7
  • Django Web Development (SpiralTrain)
  • Introductie tot programmeren in Python AT Computing/Vijfhart)
  • Numerieke Python
  • Projecten Leiden
  • GMP voor laboratoria

Opleiding Link to heading

Promotieonderzoek, Universiteit Leiden, 2005-2009 Link to heading

“Het karakterisering van de moleculaire bewegingen van individuele GPCRs en G-eiwitten verantwoordelijk voor Dictyostelium discoideum chemotaxis” (link naar volledig proefschrift)

  • Het begrijpen van de beweging van eiwitten in celmembranen in relatie tot gerichte celbeweging met behulp van geavanceerde microscopische opstellingen en matlab-gebaseerde data-analyse

Master of Science (M.Sc., Cum Laude) Moleculaire en Cellulaire Biologie, Universiteit Leiden, 2003-2005 Link to heading

Bachelor of Applied Science (B.Sc.), Biochemie, Hogeschool Rotterdam, 1999-2003 Link to heading

Professionele Ontwikkeling Link to heading

Health-RI conferentie 2024 ‘Trusting Forward’ | European Lung Cancer Congress 2022 | ESMO webinar toepassingen - liquid biopsy longkanker 2022 | Updates over Liquid Biopsy voor Gevorderde NSCLC: Een Consensus Statement van de IASLC 2022 | EACR Cancer Genomics 2019 | Genomic Medicine Nordic 2018 | Projecten Leiden | Numerieke Python | Information Security Fundamentals and Concepts | Introductie tot Ethiek, ICBE (Philips Ethics Committee) processen en Regelgeving voor Onderzoek | General Business Principles EACR-OECI Gezamenlijke Training: Moleculaire Pathologie Benadering van Kanker 2012 | GMP voor Laboratoria | Het Schrijven van een Competitief Voorstel voor Framework 7 | Global Data Protection and Privacy: Respecteren van Privacy | Lorenz Workshop over Circulerende Tumorcellen 2010 | Biophysical Society meeting 2008